Za pomocą Krajowego Systemu eFaktur (KSeF) przedsiębiorca może wystawić ustrukturyzowaną fakturę, która jest widoczna w systemie zarówno dla wystawiającego fakturę jak i dla odbiorcy tej faktury.
System eKsięgowy ma możliwość importu dokumentów zakupowych z systemu KSeF wystawionych przez kontrahentów.
- dokumenty mogą być pobierane automatycznie lub importowane do eKsięgowego,
Import dokumentów
Aby dodać dokument należy wybrać kolejno "Księgowość > KSeF"
Lub można skorzystać z kafelka na głównym pulpicie:
W celu dodania nowego dokumentu klikamy na 
i w nowym oknie klikamy na "Dodaj dokument" lub przeciągamy go z exploratora windows.
- można dodawać pobrane wcześniej pliki z KSeF w formacie XML, PDF lub ZIP.
Po dodaniu plików otrzymamy komunikat:
Akceptujemy przyciskiem "Zastosuj"
- dodając plik zarówno w formacie PDF oraz XML otrzymamy dokument wraz z podglądem pliku w PDF
- dodając dokument w formacie XML bez pliku PDF w eKsięgowym zapisze się dokument bez załącznika w PDF. Wizualizacja PDF wygeneruje się automatycznie w ciągu kilku minut.
- dodając sam plik PDF program sprawdzi czy istnieje już faktura o takim numerze - jeśli istnieje to oba dokumenty zostaną powiązane automatycznie,
- przy braku faktury zostanie wyświetlony komunikat i plik nie zostanie powiązany, proces będzie anulowany,
Dla dokumentów, które nie posiadały wcześniej wizualizacji, lub wizualizacja została poprawiona o nowe dodatkowe pola (wraz z nową wersją eKsięgowego), można wygenerować ponownie taką wizualizację dla dokumentu.
Aby to zrobić, konieczne jest wybranie opcji "Generuj wizualizację ponownie" klikając prawym przyciskiem myszy na dokumencie.
Opcja ta dostępna jest tylko w tym module (KSeF).
Od wersji 8.7.8 możliwe jest ręczne pobieranie dokumentów z KSeF za pomocą przycisku 
Przed pierwszym ręcznym pobraniem dokumentów należy ustawić daty początkowe od których mają być pobierane dokumenty. Zakres dat nie może być większy niż 3 miesiące.
Dokonujemy tego na zakładce "Ustawienia" i w kolejnej zakładce "Pozostałe"
Po pierwszym ręcznym pobieraniu system zapisze daty kiedy były pobrane ostanie dokumenty.
Kolejne ręczne pobieranie rozpocznie się od daty gdzie skończyło się ostatnie pobieranie dokumentów z KSeF (pod uwagę brane są zarówno pobierania przez innych operatorów systemu jak i pobieranie automatyczne).
W pozostałych ustawieniach mamy jeszcze możliwość zaznaczenia aby system uzupełniał datę operacji gospodarczej na podstawie daty faktury gdy w pliku pobranym z KSeF nie ma takiej informacji.
Drugą opcją jest możliwość automatycznego uzupełniania terminu płatności na podstawie daty zapłaty gdy data płatności nie została podana.
Na zakładce "ID Wewnętrzne" można ograniczyć danym użytkownikom widoczność dokumentów o określonych ID wewnętrznych.
Aby to zrobić należy dodać użytkownika za pomocą przycisku i na liście w kolumnie "ID wew." wpisać ID wewnętrzne które ma widzieć dany użytkownik. Można wpisać kilka ID rozdzielając je przecinkiem.
Wpisując ID podajemy tylko ostatnie 5 cyfr, bez nr NIP.
Jeśli mamy dużo użytkowników którzy mają mieć taką samą widoczność, możemy utworzyć grupy i do nich przypisać uprawnione ID wewnętrzne.
Proces automatyczny
System eKsięgowy można skonfigurować tak, aby faktury z KSeF były pobierane automatycznie.
Konfigurację należy wykonać w panelu administratora. Po zalogowaniu należy przejść do "Ustawienia > KSeF"
Dokładny opis jak to wykonać, znajduje się w tym artykule.
Przekazywanie dokumentów z KSeF do obiegu w systemie eKsięgowy
Dokumenty z KSeF które mamy na liście możemy:
- oznaczyć etykietą,
- dołączyć do projektu,
- dodać załącznik,
- dodać komentarz.
- oznaczyć statusem - staus może mieć wartoć: "Można księgować" lub "Nie księgować"
Dodawanie załącznika:
Po kliknięciu na ikonę lub wybranie jej z menu kontekstowego pojawi się okno z aktualną listą załączników do dokumentu
Dodawanie nowego załącznika jest realizowane za pomocą przycisku .
Po jego kliknięciu pojawi się nowe okno w którym można dołączyć plik, wpisać jego opis orz uwagi. Plik dodajemy za pomocą przycisku 
Gdy na liście załączników są jakieś pozycje można je podejrzeć za pomocą przycisku 
Komentarze
W celu dodania komentarza należy użyć przycisku z górnego menu lub z menu kontekstowego.
W nowym oknie widzimy obecne komentarze oraz możemy dodac kolejne.
Szybki dostęp do komentarzy można również uzyskać od razu na gridzie klikając na przycisk 
Z prawej strony pojawi się wtedy panel z komentarzami
Gdy mamy na liście dokumenty pobrane z KSeF możemy je przekazać dalej do księgowości lub do workflow.
Przekazać dokumenty możemy tylko, gdy nie mają żadnego statusu lub mają status "Można księgować". Dokumenty ze statusem "Nie księgować" nie zostaną przeniesione.
Wykonujemy to zaznaczając odpowiednie dokumenty i klikając w wybrany przycisk.
Analogicznie wygląda to na zakładce "KSeF - faktury sprzedażowe" z tą różnicą, że przeniesienie możliwe jest tylko do księgowości. Nie ma możliwości przeniesienia do workflow.
Po przeniesieniu dokumentów do księgowości lub workflow znikają one z listy dokumentów KSeF w eKsięgowym - będą widoczne w innych miejscach systemu.
Gdy w kolumnie "NIP Sprzedawcy" przy numerze NIP jest widoczna ikona 
oznacza to, że kontrahenta nie ma w naszej bazie danych. Można go dodać już z modułu KSeF klikając prawym przyciskiem myszy na rekord z danym numerem NIP i z menu kontektowwego wybrać 
. Otworzy nam to okno dodawania nowego kontrahenta z GUS znane z innych modułów systemu.
Przywracanie dokumentów do modułu KSeF
Aby przywrócić dokument przeniesiony do księgowości, wystarczy usunąć dokument z aktualnych, a następnie usunąć go z głównego kosza (gdzie zawsze trafiają usunięte dokumenty). Po usunięciu z głównego kosza należy przejść do modułu KSeF > kosz > i po wybraniu dokumentu użyć opcji "przywróć z kosza".
Aby przywrócić dokument przeniesiony do workflow, wystarczy usunąć dokument, a ten trafi automatycznie do kosza w module KSeF, gdzie po wybraniu dokumentu należy użyć jak wyżej opcji "przywróć z kosza".
